我院新生儿疾病筛查中心系江苏省新生儿疾病筛查中心扬州分中心，中心成立于2002年8月，同年通过了省级专家的验收，是扬州市唯一的新生儿疾病筛查中心。现有主任医师2名，付主任医师1名，主管检验师2名，主管护师1名。中心下设办公室、临床组、检验组。

    新生儿疾病筛查中心承担着扬州市包括所辖县（市）区的新生儿疾病筛查工作，目前主要筛查苯丙酮尿症和先天性甲状腺功能低下症。